《少年锦衣卫 第一季》为第00集至第13集，第一季首集《00 序章》为2016年12月29日上线。《少年锦衣卫 第二季》为第14集至第27集，第二季首集《14 序章》为2017年9月28日上线。大明初起，明太祖朱元璋设锦衣卫亲军指挥使司，后分设南北镇抚司，稽查百官，权势煊赫。锦衣卫沿袭百年，南北镇抚司势如水火，相争不下。朝堂党争激烈，江湖盗匪猖獗，盛世繁华之下，却隐藏着汹涌暗流……

大明五公主朱可儿一条御赐红珊瑚手串遗失，并在镇国公府发现遗失的手串，一切证据指都向镇国公世子魏晨。“珊瑚手串案”把大理寺卿洛宁和锦衣卫指挥使秦昭牢牢绑定在一起。大理寺与锦衣卫合力查出案子的来龙去脉，帮魏晨洗去冤屈。谁知，“珊瑚手串案”只是一系列大案的开始，查案过程中洛宁与秦昭随着案件的深入，感情也逐渐升温。这些案子的背后是一个涉及大明朝纲的惊天阴谋。

弘治年间朝纲政乱，大太监刘瑾掌权操控锦衣卫，排除异己逐杀正直官员，玄明玄月虽为同父异母的兄弟，但为了权利哥哥玄月对弟弟玄明大大出手。正直善良的玄明成为刘瑾实现野心的绊脚石，刘瑾想借助兄弟不和之事将玄明除掉，一场阴谋和手足残杀即将展开。

明朝天启年间，朝堂党派纷争宦官横行，某日深夜，阉党党羽崔肆暴毙府中离奇死亡，魏忠贤大为震怒，命锦衣卫彻查此事，千户徐攀星指派锦衣卫小旗楚墨督办，始终心怀正义不愿同阉党同流合污的楚墨无奈接受，然而随着案